慈善活動 マイクロソフト退社後は慈善事業に参入し、1986年に慈善団体のポール・ガードナー・アレン一族財団を創設した。以来毎年3000万米ドルを太平洋岸北西地域の民間非営利組織に分配している。2003年9月には私財1億米ドルを投じてアレン脳科学研究所を設立し、マウス脳遺伝子発現マップ作成プロジェクト Allen Brain Atlas を開始した。2004年に Ansari X Prize を受賞した有人宇宙船 Space Ship One にも出資した。ハナアブの一種であるポールアレンハナアブは、双翅目学に対する貢献から彼に献名されたものである。